Desde que foi criado em 2007, o Índice Geral de Cursos (IGC), divulgado anualmente pelo Ministério da Educação (MEC), tem avaliado a qualidade de todos os cursos de graduação e pós-graduação stricto sensu (mestrado e doutorado) de cada Instituição de Ensino Superior, tornando-se o mais importante índice avaliador do Brasil. Por 3 anos seguidos a EBAPE tem sido reconhecida como uma das melhores Escolas de Administração do país.
Além disso, a graduação em Administração da EBAPE é reconhecida como curso "Nota Máxima" no Exame Nacional de Desempenho de Estudantes (Enade).
A FGV EBAPE conquistou em 2018 o selo da AACSB International, maior acreditadora americana para escolas de negócios. No Brasil, apenas três escolas de negócios brasileiras possuem este selo.
Além da AACSB, a FGV EBAPE possui certificações internacionais da EFMD (European Foundation for Management Development), órgão internacional que avalia instituições de ensino de administração, sendo concedido apenas a instituições que atendem os mais exigentes padrões internacionais de qualidade em ensino e pesquisa.
