O ProPesquisa destina anualmente, recursos para a implementação de novos projetos de pesquisa de docentes da EBAPE.  Tais recursos objetivam a complementação das fontes tradicionais de recursos para a pesquisa (CAPES, CNPq, Faperj e outros). As propostas são recebidas pela Coordenação Técnico-Acadêmica do ProPesquisa e aprovadas pelo Comitê Consultivo de Pesquisa. A distribuição dos recursos visa possibilitar maior engajamento dos professores em atividades de pesquisa a fim de gerar novas evidências, novas abordagens e novos métodos que, em última instância, são utilizados como base para um ensino mais atualizado, crítico e profundo.